Facturation électronique en pharmacie : tout comprendre sur la réforme
La facturation électronique arrive progressivement dans toutes les entreprises françaises… et les pharmacies ne feront pas exception.À partir de 2026, les grosses officines (CA > 10 millions d’euros) devront être capables de recevoir puis d’émettre des factures électroniques conformes aux exigences de l’administration fiscale. Cette réforme soulève déjà de nombreuses questions chez les pharmaciens : quels types de factures sont concernés ? Quel sera le rôle du logiciel de gestion officinale (LGO) ? Faut-il choisir une plateforme agréée ? Qu’est-ce que le format Factur‑X ?
Chez LEO, nous préparons cette transition afin de permettre aux pharmaciens de rester concentrés sur leur activité tout en assurant leur conformité réglementaire.
Nous faisons le point sur la réforme de la facturation électronique en pharmacie, son fonctionnement concret, les obligations à venir et les réponses aux questions les plus fréquentes.
Pourquoi la facturation électronique devient obligatoire ?
La réforme de la facturation électronique répond à plusieurs objectifs fixés par l’État.
Simplifier les obligations administratives
L’objectif premier est de réduire les tâches administratives liées à la gestion des factures papier ou PDF classiques. Les échanges deviennent standardisés, automatisés et plus faciles à traiter.
Pour les pharmacies, cela permettra notamment :
- une meilleure traçabilité des factures fournisseurs ;
- une réduction des erreurs de saisie ;
- un suivi plus rapide des paiements ;
- une automatisation progressive des échanges comptables.
Lutter contre la fraude à la TVA
Grâce à des données structurées et transmises de manière encadrée, l’administration fiscale pourra mieux suivre les opérations soumises à TVA.
Cette réforme vise ainsi à limiter les fraudes tout en améliorant la fiabilité des déclarations.
Digitaliser et standardiser les échanges
Aujourd’hui, les entreprises utilisent encore des formats très variés : papier, PDF simple, email, portail fournisseur, etc.
Demain, les échanges devront respecter des formats normalisés afin de faciliter le traitement automatisé entre logiciels.
Accélérer les délais de paiement
La facturation électronique doit également permettre une circulation plus rapide des factures entre professionnels.
Pour les pharmacies, cela peut contribuer à améliorer la visibilité sur la trésorerie et les règlements fournisseurs.
La réforme de la facturation électronique : qui est concerné ?
Toutes les entreprises assujetties à la TVA et établies en France sont concernées.
Cela inclut donc :
- les pharmacies d’officine ;
- les groupements ;
- les laboratoires ;
- les grossistes répartiteurs ;
- les fournisseurs de services ;
- les autres professionnels de santé.
Autrement dit, l’ensemble de l’écosystème pharmaceutique B2B devra progressivement adopter la facturation électronique.
Ce qui va changer concrètement
Les factures ne pourront plus être envoyées uniquement sous forme de PDF classique.
Les entreprises devront :
- émettre des factures électroniques structurées ;
- recevoir des factures électroniques ;
- transmettre certaines données à l’administration fiscale via une plateforme agréée.
La réforme marque donc la fin du simple PDF envoyé par email comme mode de facturation principal entre professionnels.
Facturation électronique en pharmacie : comment cela fonctionne ?
Le fonctionnement repose sur plusieurs acteurs.
Les fournisseurs
Les fournisseurs émettent leurs factures dans un format électronique conforme.
Cela concerne par exemple :
- les commandes auprès de la CERP ;
- les achats laboratoires ;
- les prestataires ;
- les ventes entre pharmacies.
La pharmacie
L’officine reçoit et traite ses factures via son logiciel et une plateforme agréée.
Le pharmacien conserve le libre choix de sa plateforme.
L’administration fiscale
Certaines données de facturation sont transmises à l’administration via des plateformes reconnues par l’État.
Quel est le rôle d’une Plateforme Agréée (PA) ?
La Plateforme Agréée (parfois encore appelée PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire)) — joue un rôle central.
Elle permet notamment :
- l’envoi des factures électroniques ;
- la réception des factures ;
- la transmission des données fiscales ;
- le suivi du cycle de vie des factures ;
- la gestion des statuts : reçue, rejetée, payée, etc.
Le pharmacien choisit librement sa plateforme.
Plateforme agréée et logiciel métier : quelle différence ?
Il est important de distinguer :
La plateforme agréée
Elle est immatriculée par l’État et autorisée à transmettre les données fiscales.
Le logiciel métier
Le logiciel de gestion officinale (LGO) reste l’outil de travail quotidien de la pharmacie.
Un logiciel comme LEO pourra être connecté à une ou plusieurs plateformes agréées.
Quels types de factures sont concernés ?
Les factures entre professionnels (B2B)
Les échanges entre professionnels seront soumis à la facturation électronique obligatoire.
On parle alors de :
e‑invoicing
Exemples en pharmacie :
- achats auprès de la CERP ;
- commandes laboratoires ;
- ventes entre officines ;
- prestations entre entreprises.
Dans ces cas, une facture électronique conforme devra être émise.
Les ventes aux patients (B2C)
Les ventes réalisées auprès des patients ne nécessitent pas de facture électronique obligatoire.
On parle ici de :
e‑reporting
Dans ce cadre, seules certaines données seront transmises à l’administration.
Les échanges avec les collectivités publiques (B2G)
Pour les échanges avec les administrations publiques :
- mairies ;
- hôpitaux ;
- réquisitions ;
- collectivités.
La plateforme Chorus Pro reste la référence.
Calendrier de la réforme : quelles échéances pour les pharmacies ?
La réforme sera déployée progressivement.
Les pharmacies devront être prêtes à :
- recevoir des factures électroniques ;
- émettre des factures électroniques selon le calendrier réglementaire.
Chez LEO, les évolutions nécessaires sont déjà anticipées afin d’assurer la conformité réglementaire des officines dans les délais prévus.
L’objectif est de proposer une solution opérationnelle compatible avec les obligations de facturation électronique à horizon 2026‑2027 selon le CA de l’officine.
Pourquoi LEO a choisi le format Factur‑X ?
Plusieurs formats sont reconnus dans le cadre de la réforme :
- Factur‑X ;
- UBL ;
- CII.
Qu’est-ce que Factur‑X ?
Factur‑X est un format hybride.
Une facture Factur‑X contient :
- un PDF lisible par un humain ;
- des données structurées XML exploitables automatiquement par les logiciels.
Ce format présente un avantage majeur : il reste simple à lire tout en étant conforme aux exigences techniques de la réforme.
Pourquoi ce format est particulièrement adapté aux pharmacies ?
Le format Factur‑X permet :
- de conserver un document visuellement compréhensible ;
- de faciliter les contrôles ;
- d’automatiser les traitements comptables ;
- de simplifier l’intégration avec les logiciels métier.
C’est aujourd’hui le format appelé à devenir le plus utilisé en France.
C’est pourquoi LEO a fait le choix de Factur‑X.
Quel sera le rôle de LEO ?
LEO évoluera pour répondre aux obligations réglementaires.
Concrètement, le logiciel permettra :
- la génération de factures conformes ;
- l’intégration des données structurées ;
- la compatibilité avec les plateformes agréées ;
- l’automatisation des échanges de factures.
L’objectif est simple : permettre aux pharmaciens de rester conformes sans complexifier leur quotidien.
Comment choisir sa plateforme agréée ?
Le choix d’une plateforme dépendra de plusieurs critères :
- compatibilité avec le logiciel métier – aucune restriction avec LEO ;
- simplicité d’utilisation ;
- qualité du support ;
- coût ;
- intégration avec les outils comptables – consultez votre expert comptable ou votre banque.
LEO pourra fonctionner avec des plateformes compatibles afin de simplifier les échanges pour les pharmacies.
Quels bénéfices pour les pharmaciens ?
Même si cette réforme peut sembler technique, elle apporte plusieurs avantages concrets pour les officines.
Une meilleure automatisation
Les échanges automatisés réduisent les ressaisies manuelles.
Un meilleur suivi des factures
Les statuts des factures deviennent plus visibles : envoyée, reçue, rejetée, payée.
Une gestion documentaire simplifiée
Les documents sont centralisés et structurés.
Une meilleure conformité réglementaire
Les échanges sont sécurisés et conformes aux exigences fiscales.
Foire Aux Questions : les questions fréquentes sur la facturation électronique en pharmacie
Les factures de rétrocession sont-elles concernées ?
Oui.
Une rétrocession entre deux pharmacies correspond à un échange entre professionnels (B2B).
La facture électronique sera donc obligatoire dans ce cadre.
La facture électronique remplace-t-elle l’archivage ?
Non.
L’archivage reste obligatoire.
Même si certaines plateformes agréées proposent des solutions d’archivage, la pharmacie reste juridiquement responsable de la conservation de ses factures.
La durée légale d’archivage reste de 10 ans en France.
Une Plateforme Agréée dépend-elle du logiciel LEO ?
Non.
La plateforme agréée reste indépendante du logiciel métier.
Une pharmacie pourra utiliser LEO avec différentes plateformes compatibles ;
Certaines intégrations pourront toutefois être privilégiées pour simplifier l’expérience utilisateur.
Pourquoi choisir Factur‑X plutôt qu’UBL ou CII ?
Factur‑X combine :
- un PDF lisible ;
- des données XML structurées.
Les formats UBL et CII sont principalement orientés traitement automatisé et moins lisibles directement.
Factur‑X représente aujourd’hui un excellent compromis entre simplicité de lecture et automatisation.
Est-ce que les ventes aux patients sont concernées ?
Pas sous forme de facture électronique obligatoire.
Pour les ventes B2C, seules certaines données seront transmises dans le cadre du e‑reporting.
Est-ce que la facture électronique sera obligatoire pour tous les fournisseurs ?
Oui.
Toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA seront progressivement concernées.
Les laboratoires, grossistes, prestataires et partenaires des pharmacies devront également adopter des formats conformes.
Une facture PDF classique sera-t-elle encore valable ?
Le simple PDF non structuré ne suffira plus dans les échanges B2B soumis à la réforme.
Les factures devront contenir des données structurées conformes aux formats autorisés.
Comment savoir si une plateforme est agréée ?
La liste officielle des plateformes agréées est publiée par l’administration fiscale.
Il est important de vérifier qu’une plateforme dispose bien de l’immatriculation officielle permettant l’émission et la transmission des données.
Ce qu’il faut retenir
La facturation électronique va profondément transformer les échanges entre les acteurs de la pharmacie.
Pour les officines, cette réforme implique :
- l’adoption de factures électroniques structurées ;
- l’utilisation d’une plateforme agréée ;
- l’évolution des outils de gestion ;
- une meilleure automatisation des flux.
Chez LEO, nous préparons cette évolution pour être conforme et adaptée au quotidien des pharmaciens.
La transition vers Factur‑X représente avant tout une opportunité de simplifier les échanges administratifs et de moderniser la gestion de l’officine.
Bien cordialement,
David Derisbourg
Responsable Marketing LEO
« LEO le logiciel de gestion de la pharmacie servicielle »
article publié sur LEO
mise à jour : 07 mai 2026 – 9h15